遅ればせながら原因の絞込みを行ったところ、いくつかご指摘を頂きました通り、サーバー側で行っているメモリ使用量の制限が影響している可能性が高いと判断しました。
　ある資料によると、バージョンによって差異はあるものの「Movable Type」における「再構築」動作において、平均的な使用でおよそ25MB程のメモリを消費すると有りました。
　本サービスにおいては実行メモリを22MB～25MBの制限としておりましたが、これは「Movable Type」が「再構築」時に消費するメモリとほぼ同等で、利用状況によって挙動が異なってくると考えられます。
　「Movable Type」がメジャーなシステムである事、及び同等の機能を有するシステムの普及が進んでいる事を考慮し、制限の変更を行いました。

制限の具体的な変更内容については以下の通りとなります。

・メモリ使用量制限　変更前：22～25MB　変更後：32MB

　今後の変更については、サーバーの過負荷を防ぐことを第一とした上で、皆様からの動作報告を参考にして行う予定です。
ただし、これ以上の割り当て増加には、サーバー自体の増強が必要になる可能性が高いものと考えられます。

「Movable Type」に限らず、設定は正しいにも関わらず動作しない・動作が不安定といった事がありましたら、質問板の方で報告して頂ければと思います。
参考にさせていただき、可能な範囲で善処したいと思います。